Jeżeli prowadzone jest postępowanie podatkowe wobec przedsiębiorcy – organy podatkowe powinny brać pod uwagę także korzystne dla przedsiębiorcy rozwiązania – takie jak możliwość rozliczenia straty. Ustalając bowiem stan faktyczny sprawy organy podatkowe mają obowiązek ustalić i wyjaśnić wszystkie okoliczności sprawy i wszystkie fakty, które mają znaczenie dla jej załatwienia.
W orzecznictwie sądów administracyjnych (np. Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z dnia 10 grudnia 2008 r., I FSK 867/08, opubl. w Lex pod nr 515598, z dnia 8 marca 2008 r., I FSK 747/07, opubl. w Lex pod nr 465777) wskazuje się, że organy podatkowe nie mogą prowadzić postępowania dowodowego ograniczając się jedynie do tych okoliczności, które mają niekorzystny wpływ na sytuację podatnika, w szczególności na wysokość zobowiązania podatkowego, ale powinny uwzględniać również te okoliczności, które są dla podatnika korzystne.
Powyższe wynika z zasad ogólnych postępowania podatkowego takich jak zasada prawdy obiektywnej, zasada praworządności i zasada pogłębiania zaufania do działania organów podatkowych. Zobowiązanie podatkowe określone przez organy podatkowe powinno być bowiem zobowiązaniem w prawidłowej wysokości, wynikającej z przepisów prawa, uwzględniającej wszelkie okoliczności i zdarzenia mające znaczenie dla jego określenia.
„W przypadku, gdy organom wiadomym jest, że podatnik miał stratę podatkową w latach poprzednich, mogącą podlegać odliczeniu i mają one podstawy do określenia mu w badanym roku podatkowym zobowiązania podatkowego w miejsce deklarowanej straty, organy podatkowe obowiązane są oznajmić na podstawie art. 187 § 3 O.p. ten fakt podatnikowi przed wydaniem decyzji, aby miał on prawną możliwość złożenia oświadczenia, czy chce skorzystać z możliwości odliczenia od dochodu straty za lata poprzednie i pouczyć go o skutkach takiego oświadczenia. Nie czyniąc tego, organy naruszają art. 187 § 3, art. 120 i art. 121 § 1 i § 2 O.p. w stopniu mogącym mieć wpływ na wynik sprawy.” Powyższe wnioski wynikają z wyroku NSA z dnia sygn. 2011-03-09 (sygn. akt II FSK 1950/09).
Ponieważ w praktyce organy podatkowe nie zawsze stosują powyższe reguły ograniczając się do badania jedynie okoliczności niekorzystnych dla podatników – warto pamiętać np. o możliwości postawienie z tego tytułu zarzutów organom w ramach środków zaskarżenia lub na bieżąco w toku prowadzonego postępowania podatkowego.